Правда, здесь имелось одно весьма существенное «но»: свои обширные, прекрасно и богато иллюстрированные сочинения, развивающие основные идеи «христианской каббалистики» и гностико-герметической доктрины. 

Фладд писал по-латыни, подписывая латинизированным именем Флуктибус (т. е. «текучий» — от английского слова fludd). В силу этого они не были доступны широкой аудитории, а распространялись исключительно среди людей, для кого латинский язык был частью общего культурного образования, а также среди тех, кого сам автор считал достойными этого. С одной стороны, это избавляло его сочинения от цензурных правок и мытарств, а с другой — резко ограничивало круг потенциальных читателей, сводя их к довольно незначительному числу представителей дворянской и интеллектуальной элиты.

 В результате имя Фладда довольно быстро и незаслуженно было забыто, и его трактаты стали объектом пристального внимания лишь в недавнее время.
Наследие Фладда — сочинения полемического и мистико-натурфилософского характера. Наиболее известным образчиком первых является изданное в самый разгар полемики вокруг «розенкрейцеровских манифестов». 

«Апологетическое писание в пользу истинности существования розенкрейцеровского сообщества» (1617), где он с жаром опровергал распространяемые врагами братства домыслы и инсинуации и апеллировал к королевским дворам Европы с целью пробудить их интерес к высказанным в манифестах идеям о всеобщем перевороте в умах и о социальном устройстве европейского общества. Другие же сочинения подобного рода — это страстные воззвания в защиту собственных взглядов, где автор недвусмысленно отбивается от злобных нападок в свой адрес со стороны воинствующих ортодоксов. 

Несравненно более интересны и содержательны его эзотерические и натурфилософские трактаты, особенно самый фундаментальный из них — «Изображение космоса великого и малого…», изданный в 1617–1621 годах в четырех книгах.

 Две первые книги посвящены макрокосму (то есть изображению Вселенной с «метафизической и физической точек зрения»), а две другие — человеку (микрокосму) и принципам его взаимодействия с Богом и Универсумом.
Этот монументальный труд, считавшийся едва ли не самой полной сокровищницей герметических знаний (согласно представлениям эпохи розенкренцейровской «бури и натиска»), позднее был дополнен «Теософско-богословским трактатом» и некоторыми другими работами; в их числе были и труды, посвященные оккультным основам медицины (как истинный последователь Парацельса, Фладд был к тому же и практикующим врачом). 

Современные исследователи отмечают, что. даже не обладая сильным и оригинальным умом, как, скажем, у Джордано Бруно, Фладд, тем не менее, внес огромный вклад в дело «розенкрейцеровского просвещения», во-первых, благодаря своему доступу в «высшие сферы», а во-вторых, в силу своей поистине феноменальной работоспособности и эрудиции. 

Наверное, никто среди известных эзотериков того времени не обладал такими широкими возможностями и полномочиями для тайной, закулисной работы, как Фладд, поэтому именно на этом поприще ему удалось добиться наивысших успехов, заложив прочный фундамент для будущего процветания масонских лож в Великобритании.
В своих сочинениях он заявляет о себе как о человеке с ярко выраженной «научной жилкой», демонстрирующем строго аналитический и даже рационалистический подход к «теософско-богословским» вопросам.

 Для него было само собой разумеющимся фактом, что все без исключения существующие науки по самой своей природе уже магичны, ибо в их основе законы, установленные Богом, которого сам Фладд и многие его единомышленники воспринимали в качестве Верховного Мага. Если помыслы христианских мистиков были заняты главным образом аскезой и другими чисто казуистическими способами доказать свою любовь к Всевышнему, то Фладд предпочитал демонстрировать ее совершенно иным образом: так, он сконструировал любопытный механический прибор, смесь термометра и барометра, с помощью которого собирался «строго научно» доказать идею о солнечном свете как части Божественной субстанции.

 Наиболее рельефно рационализм мышления Фладда отразился на графической стороне его работ, изобилующих тщательно исполненными многосоставными и многофигурными аллегорическими картинами, таблицами и диаграммами, объемлющими всевозможные связи и типы взаимодействий между различными составными частями и структурными элементами микро- и макрокосма. Излюбленный метод Фладда, выражающий самую суть его интеллектуалыюй магии, русский исследователь В. П. Визгин охарактеризовал следующим образом: «Речь идет о метафизической математике, в которой числа и геометрические отношения наделяются нематематическими (т. е. мистическими) свойствами и способностями воздействия. 

Числа и фигуры при этом становятся средствами классификации и символизации различных иерархических и спиритуальных связей». 

Для творческой манеры Фладда характерно также стремление к объединению в рамках одного и того же графического пространства явлений и феноменов противоположной природы: Божественного и человеческого, трансцендентного и имманентного, смертного и бессмертного и так далее, причем даже самые таинственные и мистические процессы вроде акта Сотворения трактуются им внешне чисто материалистически, с применением соответствующих химических формул и математических выкладок.

 К сожалению, смысл многих используемых им знаков и символов, хорошо понятный современникам Фладда, ныне оказался утрачен и потому может трактоваться весьма условно и гипотетически. 

Тем не менее трактаты, да и вся деятельность этого «кавалера Розы-и-Креста» оказали огромное воздействие на развитие розенкренцеровской мысли, а сам ученый по праву занимает место в рядах отцов-основателей как розенкрейцеровского, так и масонского движений.